核内遺伝子の塩基置換（突然変異）の速度を１とすると、MtDNAのそれは５〜１０と考えられている。MtDNAの中のD-ループに関していえば、この部分はMtDNA全体の置換速度の更に４〜５倍とされている。このように、D-ループは置換速度が速い（遺伝に関わらないから変異が致命的ということがない、だから変異が保存され後代に伝わる、のだろう）、ということは、個体差が大きく観察できる、ということになる。

余談：ヒトとチンパンジーの比較では核内遺伝子では１％の差異があるに対してMtDNAを比較すると９％異なっているそうだ。

ここまでで､一つ気をつけておく事は：MtDNAの教えるところにより、何々と何々は同じだ、とか、一つ違うとか云っても多くの場合、最大でもこのD-ループの範囲に関してである、ということだ。それもD-ループ全体でもなく、更にその一部の482個とか190個なのだ。MtDNA全体の16,500個に対して約１〜３％の話だ。この範囲で塩基配列が同一であっても他の部分がどうなっているのか、また、核内遺伝子の方がどうなのか、は見えていない、という事は知っておこう。

なお、浦和一号と呼ばれる縄文人の人骨から得られたMtDNAのD-ループの中の塩基数は190個であった。